Menyusul jatuhnya Suharto pada tahun 1998, Ma'ruf menjadi penasihat Partai Kebangkitan Bangsa (PKB) Wahid dan menasehati Wahid selama periode kepresidenannya di Indonesia dari 1999-2001.Ma'ruf kembali ke politik aktif dan mewakili PKB di DPR nasional dari tahun 1999 hingga 2004.Selama masa jabatan kedua di DPR, Ma'ruf adalah ketua Komisi Keempat (pertanian, pangan, dan kelautan) serta anggota Komisi Kedua (urusan pemerintahan dan otonomi daerah) dan Dewan Anggaran.Saat menjadi anggota DPR selama 1999-2004, Ma'ruf mengetuai komite Majelis Ulama yang bertugas mengeluarkan opini hukum (fatwa).
Baca Juga: Tanah Surga Indonesia Perlahan Jatuh ke Tangan Asing, Menkeu Sri Mulyani Beberkan Sebabnya Hingga Sentil Kepemimpinan Soeharto yang Getol Bangun Aset tapi Tak Pernah Lakukan Pembukuan: Kalau Pengin Jual, Tinggal Jual!Pada tahun 2004 dan kembali ke MUI untuk memimpin Komite Syariah Nasional (bertindak dari 2004 hingga 2010).Ia juga menjabat sebagai penasihat Presiden Susilo Bambang Yudhoyono di Dewan Penasihat Presiden dari 2007 hingga 2014.Kini diusianya yang ke 76 tahun, Ma'ruf Amin berpasangan dengan Joko Widodo maju di konteastasi Pilpres 2019.
Baca Juga: Gerak-gerik Tak Biasa Krisdayanti Saat Ungkit Permasalahannya dengan Aurel Hermansyah Jadi Sorotan, Pakar Ekspresi: Ada Sesuatu yang DisembunyikanGridPop.ID (*) Artikel ini telah tayag di GridHot.ID dengan judul: Sebut Istilah '10 Years Challenge' di Debat Ketiga Capres 2019, Lihat Potret Lawas Ma'ruf Amin Saat Masih Muda