Setelah berdiskusi dengan Habibie, Ainun pun akhirnya memilih opsi yang kedua.
Dari pernikahan keduanya, Habibie dan Ainun dikaruniai dua orang putra, yaitu Ilham Akbar Habibie dan Thareq Kemal Habibie.
Saat sang istri meninggal, Habibie tampak sangat terpukul.
Cintanya kepada sang istri sangat besar.
Habibie tampak sangat kehilangan saat sang istri dipanggil yang Maha Kuasa.
Kini BJ Habibie telah tiada, menyusul sang istri yang wafat beberapa tahun silam.
Selamat jalan BJ Habibie.