Sejak masih berpangkat Kapten di TNI AD, Benny Moerdani sudah berhubungan akrab dengan Presiden Soeharto yang pada pada tahun 1960-an berpangkat Mayor Jenderal.
Pak Harto sangat mengagumi Benny Moerdani karena piawai dalam strategi tempur dan memecahkan masalah secara intelijen.
Sehingga masalah rumit baik di dalam maupun di luar negeri selalu dipercayakan kepada Benny Moerdani yang dikenal sangat loyal terhadap Soeharto.
Misalnya saja ketika Indonesia terlibat konflik politik dan militer dengan Malaysia (1964).
Pak Harto merasa kalau penyelesaian secara militer tidak menguntungkan Indonesia, lalu ia memutuskan untuk mengambil langkah intelijen serta diplomasi.
Tugas yang sebenarnya sangat berat dan tidak dikehendaki oleh Presiden Soekarno itu, diam-diam diserahkan kepada Benny Moerdani dan berhasil gemilang.
Indonesia dan Malaysia pun kembali berdamai serta terhindar dari bentrok militer yang bisa sangat merugikan kedua negara.