Proses pengadilan menjadi semakin rumit karena disinyalir pembunuhan Altantuya berkaitan korupsi pembelian kapal selam Scorpene Malaysia karena ia menjadi penerjemah bahasa antara Kementerian Pertahanan dan DCNS selaku produsen kapal selam Prancis.
Sehingga ia tahu seluk beluk proses pembelian sampai pembayaran kapal selam Scorpene.
Untuk alasan itu diduga ia dibunuh.
Juga banyak yang meyakini dengan dibunuhnya Altantuya untuk memuluskan langkah Najib Razak dalam pemilihan PM Malaysia tahun 2009 karena wanita itu bisa membahayakan kampanye politik Najib karena kasus korupsi kapal selam Scorpene.
Versi lain menyebutkan istri sah Najib, Rosmah Mansor yang memerintahkan pembunuhan tersebut karena cemburu suaminya selingkuh.
Kasus ini menjadi buram dan tak diusut oleh pengadilan Malaysia lantaran Najib keburu menjadi Perdana Menteri pada tahun 2009.
Baru pada tahun 2018 ini setelah Najib lengser, pemerintah Mongolia mendesak Malaysia agar melanjutkan penyelidikan terhadap kematian Altantuya untuk mengungkap kebenaran dibalik dibunuhnya wanita tersebut.