Sayangnya pernikahan mereka tidak pernah berjalan mulus seperti yang didambakan, rencana untuk bulan madu harus tertunda.Enam minggu setelah menikah, Harris yang bekerja sebagai pasukan militer AS harus dikirim ke Eropa untuk perang.Pasangan itupun akhirnya berpisah, dan Peggy tak pernah tahu jika itu mungkin adalah pertemuan terakhirnya.Pasukan Harris ditempatkan di sebuah bandara di Inggris tenggara dan ia dipromosikan menjadi letnan dalam misi untuk menerbangkan pejuang Mustang P-51 Amerika yang legendaris untuk mengawal para pembom.Setelah pendaratan Sekutu pada 6 Juni 1944, Harris lebih sering bertempur, ia sering kali melemparkan tembakan untuk memberikan dukungan udara kepada pasukan darat.
Namun, ia tidak pernah lupa untuk menulis surat kepada istrinya.Peggy mengatakan, "Dia jarang memberi tahu saya di mana dia berada, dan apa yang dia lakukan, tapi dia terus mengirimi saya surat."