Setelah kemenangan melawan Arya Penangsang, Sultan Hadiwiijaya memberi hadiah berupa hutan Mentaok (sekarang Kotagede, Yogyakarta) kepada Ki Ageng Pemanahan.
Di Kotagede inilah Ki Ageng Pemanahan mendirikan keraton, yang saat itu masih menjadi bagian wilayah Kesultanan Pajang.
Sepeninggal Ki Ageng Pemanahan, Panembahan Senopati mendirikan Kerajaan Mataram Islam yang terlepas dari Kesultanan Pajang.
Kotagede pun dijadikan ibu kota Kerajaan Mataram Islam, yang digunakan sebagai pusat kegiatan politik, sosial budaya, keagamaan, maupun pusat ekonomi masyarakat, sejak tahun 1580-an.
Saat ini, sebagian wilayah Kotagede secara administrasi termasuk dalam wilayah Kota Yogyakarta (Prenggan dan Purbayan) dan sebagian lagi termasuk dalam wilayah Kabupaten Bantul (Jagalan dan Singosaren).
Beberapa kali dipindahkan
Pada masa pemerintahan Sultan Agung (1613-1645), ibu kota Kerajaan Mataram Islam dipindah ke Kerto, yang berjarak sektar 4,5 kilometer di sebelah selatan Kotagede.
Keraton Kerto berdiri di Dukuh Kerto, Desa Plered (Pleret), Kecamatan Pleret, Kabupaten Bantul.
Sepeninggal Sultan Agung, penggantinya adalah Amangkurat I (1646-1677), yang gagal mempertahankan kejayaan Mataram. Pada masa pemerintahannya, meletus pemberontakan Trunojoyo, yang berhasil menduduki ibu kota Mataram di Plered.