Belakangan Agus tertangkap pasukan marinir Belanda sewaktu melakukan operasi pembersihan dan kemudian ditawan.
Pasukan Belanda sendiri memperlakukan Agus sesuai konvesi Jeneva, ia dirawat hingga sembuh tapi kedua kakinya terpaksa diamputasi mengingat luka tembaknya sudah membusuk.
Setelah operasi Pasukan Naga selesai dan Irian Barat kembali ke pangkuan RI, Agus meskipun mengalami infalid dan memakai kaki palsu masih bertugas di lingkungan RPKAD dan satu batalyon dengan Benny Moerdani.
Suatu kali (1965) terjadi kebijakan di lingkungan RPKAD yang salah satu keputusannya adalah prajurit invalid tidak boleh bergabung lagi dengan RPKAD.
Atas keputusan itu Benny Moerdani menyatakan ‘protes’ terhadap kebijakan komandan RPKAD waktu itu, Moeng Pahardimulyo.
Benny bersikeras prajurit seperti Agus Hernoto harus tetap berada di satuan RPKAD mengingat jasa dan pengorbanannya bagi bangsa serta negara yang demikian luar biasa.