Semasa SMA ia aktif sebagai ketua Joung Men’s Association serta sebagai anggota dan ketua Persatuan Pelajar Maluku di Surabaya.
Setelah lulus, ia selanjutnya melanjutkan pendidikan ke Fakultas Hukum di Surabaya.
Fakultas Hukum tersebut pada mulanya cabang dari Fakultas Hukum Universitas Gadjah Mada (UGM), namun kemudian berdiri sendiri sebagai Fakultas Hukum Universitas Airlangga.
Tahun 1959, setelah pendidikannya selesai, JE Sahetapy diangkat menjadi tenaga tetap Fakultas Hukum UNAIR.
Kemudian, ia mendapat kesempatan mengikuti Graduate School di Universitas Utah, AS dalam Ilmu Bussiness Administration dan Industrial Relation tahun 1960-1962.
JE Sahetapy selain di UNAIR juga memberikan pengajaran di Fakultas Hukum Universitas Jember, IKIP Surabaya, Fakultas Hukum Universitas Udayana, Universitas Patimura Ambon, Skolah Supply ALRI.
Hingga akhirnya dia diangkat sebagai guru besar di Fakultas Hukum UNAIR.
Pada acara pengukuhannya, Sahetapy memberikan pidato berjudul “Pisau Kriminologi”.