Selain kuliah, JE Sahetapy juga aktif beroganisasi.
Selepas kuliah, pada tahun 1959 ia menjadi tenaga tetap di Fakultas Hukum Universitas Airlangga.
Sahetapy akhirnya diangkat menjadi Guru Besar Fakultas Hukum Universitas Airlangga dengan pidato pengukuhanya berjudul Pisau Kriminologi.
Ia menikah dengan LR Sahetapy Lahenda dan dikarunia tiga anak.