Namun para menteri ada yang terlambat datang karena demo mahasiswa.
Walau demikian rapat tetap dilaksanakan. Akan tetapi tak lama setelah itu Komandan Tjakrabirawa Brigjen Dabur mengirim nota kepada Brigjen Amirmachmud dimana ada pasukan liar di luar istana.
Amirmachmud lantas memberitahukan ini kepada Soekarno.
Mengetahui adanya pasukan liar tersebut, Soekarno sempat panik.
Ia lantas meninggalkan rapat dan menyerahkan kepemimpinan rapat kepada Menteri Perguruan Tinggi dan Ilmu Pengetahuan Johannes Leimena.
Bung Karno kemudian naik helikopter menuju Istana Bogor agar mendapat pengamanan yang lebih terjamin.
Sore harinya tiga orang jenderal menemui Soekarno di Istana Bogor.
Ketiganya yakni Mayjen Basoeki Rachmat, Brigjen M Jusuf, dan Brigjen Amirmachmud.
Disinyalir ada juga kehadiran perwira tinggi lainnya yakni Maraden Panggabean.