Setelah proklamasi kemerdekaan, Sang Saka Merah Putih dikibarkan siang dan malam.
Namun, saat Belanda menguasai Jakarta pada 1946, Sang Saka Merah Putih dibawa ke Yogyakarta dalam koper Soekarno.
Ketika terjadi Operatie Kraai atau Agresi Militer Belanda, Sang Saka Merah Putih pun terpaksa dipotong menjadi dua bagian.
Kemudian, bendera diberikan kepada Husein Mutahar untuk diamankan.
Husein Mutahar adalah ajudan Soekarno sekaligus pencipta lagu Syukur dan Hari Merdeka.
Selain itu, Husein Mutahar adalah pembentuk Pasukan Pengibar Bendera Pusaka yang pertama.
Saat Agresi Militer, H. Mutahar diharuskan untuk menjaga Sang Saka Merah Putih meski dengan taruhan nyawa.
Walaupun sempat ditangkap lalu melarikan diri dari tentara Belanda, H. Mutahar berhasil membawa Sang Saka Merah Putih kembali ke Jakarta.
Kemudian, H. Mutahar menjahit Sang Saka Merah Putih yang terpotong menjadi satu kembali.
Sang Saka Merah Putih pun diberikan pada Soedjono, orang kepercayaan Soekarno.
Soedjono lalu kemudian membawa Sang Saka Merah Putih pada Soekarno, yang berada dalam pengasingan di Bangka.