Namun saat kembali menemui Soekarno pada 16 Agustus 1967, delegasi itu justru diajak Soekarno kembali ke Jakarta dan mendatangi Monumen Nasional (Monas).
"Ternyata Bung Karno menyimpan Bendera Pustaka di sebuah ruangan bawah tanah di kaki Monumen Nasional," tulis Bondan.
Setelah Bendera Pusaka diserahkan ke Istana, Soeharto tidak langsung percaya bendera tersebut merupakan Bendera Pusaka.
Soeharto lantas memanggil mantan ajudan Soekarno, Husain Mutahar untuk mengecek keaslian bendera tersebut.
Husain Mutahar adalah ajudan Soekarno semasa menjadi presiden yang mengamankan Bendera Pusaka saat Bung Karno dan Bung Hatta ditawan Belanda pada Agresi Militer Belanda ke dua.
Saat itu, Mutahar diperintah oleh Soekarno menjaga Bendera Pusaka.
Agar tidak disita Belanda, Mutahar sampai membuka jahitan bendera tersenut dan memisahkan warna merah dan putihnya.
Setelah Agresi Militer II Belanda selesai, Bendera Pusaka dijahit kembali dan diserahkan kepada Soekarno.
Karena tahu betul Bendera Pusaka, Mutahar mengatakan bahwa bendera yang disimpan Soekarno di Monas adalah Bendera Pusaka.
Tanda-tanda berakhirnya kekuasaan Soekarno terlihat saat Soeharto memberikan tiga opsi kepada salah satu istri Bung Karno, Ratna Sari Dewi.
Hal ini berawal saat Soekarno selaku presiden RI memerintahkan Mayjen Soeharto mengambil tindakan yang dianggap perlu untuk mengatasi situasi keamanan setelah peristiwa G30S.
Dilansir dari buku Jenderal Yoga : Loyalis di Balik Layar, Soeharto kemudian memerintahkan Brigjen TNI Yoga Sugomo dan Martono untuk merancang sebuah pertemuan rahasia dengan Ratna Sari Dewi.
Tujuan pertemuan itu untuk mengorek informasi, kebijakan, serta kegiatan Soekarno sebelum detik-detik G30S terjadi.
Soeharto menganggap semua orang yang dekat dengan Bung Karno harus diinterogasi perihal tragedi tersebut.