Sayangnya pendidikan militer yang mentereng itu tak membuat Reinaldo memiliki masa depan yang baik di Timor Leste.
Dia justru didiskriminasi oleh Panglima FDTL Brigjen Taur Matan Ruak, dan berakhir didiskriminasi.
Reinado diperlakukan rasis karena dia berasal dari daerah Timor Leste bagian timur.
Karena itu, dia marah pada Ruak, pada Mei 2006 bersama 600 anggita FDTL melakukan desersi sebagai protes atas perlakukan itu.
Ruak yang geram justru memecat semua anggota yang melakukan protes massal.
Kemarahan makin memuncak, Reinado melakukan aksi rusuh dan membuat satu negara porak poranda.
Reinaldo melakukan taktik gerilya mirip Fretlin ketika menyerang FDTL, sama dengan yang dilakukan ketika melawan Indonesia.
Lama-lama Timor Leste dirundung kerusuhan dan pertikaian antar etnis terjadi.
Ratusan rumah dibakar dijarah 100.000 warga Timor Leste mengungsi ke perbatasan Indonesia di NTT untuk mencari perlindungan.